Entwicklung eines genetischen Index für Seen auf der Grundlage von Zuckmücken und Oligochaeten

Um die biologische Qualität von Seesedimenten und insbesondere ihren trophischen Zustand (Sauerstoffgehalt) zu bewerten, kann ein biologischer Index verwendet werden, der auf der Struktur der Artgemeinschaften von Zuckmückenlarven (Chironomiden) und Oligochaeten beruht. Es ist jedoch schwierig und oft unmöglich, die Tiere anhand ihrer Morphologie bis auf das Artniveau zu bestimmen. Dieses Hindernis könnte durch eine Bestimmung von Chironomiden und Oligochaeten anhand von DNA-Barcodes überwunden werden.

Im Rahmen des Synaqua-Projekts hat das Oekotoxzentrum einen molekularen Oligochaeten-Index entwickelt, der auf der Hochdurchsatz-Sequenzierung von genetisch markierten Proben basiert, um die biologische Qualität von Fluss- und Seesedimenten zu bewerten. Dieser molekulare Ansatz hat den Vorteil, dass er die Anzahl der Individuen jeder Art, die in einer Probe vorhanden sind, genau bestimmt und sich daher besonders gut für die Qualitätsbewertung eignet.

Ziel dieses Projekts ist es, zu prüfen, ob der im Synaqua-Projekt entwickelte Ansatz auf Chironomiden übertragen werden kann, und einen genetischen Index für Seen zu entwickeln, der auf der Hochdurchsatz-Sequenzierung von genetisch markierten Proben von Chironomiden- und Oligochaeten-Gemeinschaften beruht. Darüber hinaus soll eine Datenbank mit DNA-Barcode-Sequenzen von Chironomiden in Schweizer Seen aufgebaut werden.

Publikationen 

Lods-Crozet, B., Chevalley, P.-A. (2016) Evolution du zoobenthos profond du Léman, Rapp. Comm. int. prot. eaux Léman contre pollut., Campagne 2015, 132-141

Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Lafont, M., & Ferrari, B. J. D. (2020). High-throughput DNA barcoding of oligochaetes for abundance-based indices to assess the biological quality of sediments in streams and lakes. Scientific Reports, 10, 2041 (8 pp.). doi.org/10.1038/s41598-020-58703-2 , Institutional Repository