OligoNem – In situ Methoden mit Oligochaeten und Nematoden zur Bestimmung der Sedimentqualität

OligoNem – In situ Methoden mit Oligochaeten und Nematoden zur Bestimmung der Sedimentqualität

Sedimente spielen eine entscheidende Rolle für biogeochemische Kreisläufe, und benthische Prozesse unterstützen oft die Basis der aquatischen Nahrungsketten. Allerdings sind Sedimente oft belastet und können als Schadstoffsenken eine Gefahr für die benthischen Lebensgemeinschaften darstellen. Selbst dann, wenn keine Anzeichen einer Belastung im Wasser erkennbar sind, können Sedimente das Funktionieren der Ökosysteme stören. Es ist daher entscheidend, die Sedimentqualität zu bewerten, um das Risiko für aquatische Ökosysteme zu bestimmen. Integrierte Verfahren für die Bewertung der Sedimentqualität verwenden nicht nur physico-chemische und ökotoxikologische Analysen, sondern auch In-situ-Indizes, die die Vielfalt und die Empfindlichkeit von makrobenthischen Gemeinschaften bewerten. Nematoden und Oligochaeten sind hier besonders nützlich. Um die Anwendung solcher Indizes zu fördern, soll unter anderem die Anwednung des französischen IOBS Index für Oligochaeten verbessert werden, indem neue DNA-basierten Monitoringmethoden (z.B. Barcoding) zu ihrer taxonomische Identifizierung verwendet werden. Darüber hinaus wird die Möglichkeit getestet, den deutschen NemaSPEAR Index für Nematoden in der Schweiz zu etablieren.

Publikationen

Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Lafont, M. & Ferrari, B.J.D. (2020) High-throughput DNA barcoding of oligochaetes for abundance-based indices to assess the biological quality of sediments in streams and lakes. Scientific Reports 10, 2041. https://doi.org/10.1038/s41598-020-58703-2
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Vivien, R., Casado-Martinez, C., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2020) Effect Thresholds of Metals in Stream Sediments Based on In Situ Oligochaete Communities. Environments 2020, 7, 31; doi:10.3390/environments7040031
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Vivien, R., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2020) Assessment of abundance and community composition of benthic macroinvertebrates: recommendations for improved sampling, fixation and extraction of oligochaetes. Archives des Sciences, 71, 37-44
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Pesce, S., Ferrari, B.J.D. et al. (2019) Recommandations d’un collectif franco-suisse d’experts pour une meilleure évaluation de la qualité écotoxicologique des sédiments par l’étude des communautés benthiques. Sciences Eaux & Territoires 55, 1-9
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Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2019) Testing different (e)DNA metabarcoding approaches to assess aquatic oligochaete diversity and the biological quality of sediments. Ecological Indicators, 106, 105453
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Vivien, R., Lafont, M., Werner, I., Laluc, M., Ferrari, B.J.D. (2019) Assessment of the effects of wastewater treatment plant effluents on receiving streams using oligochaete communities of the porous matrix. Knowl. Manag. Aquat. Ecosyst. 2019, 420, 18
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Pesce, S., Ferrari, B.J.D. et al. (2019) Recommandations d’un collectif franco-suisse d’experts pour une meilleure évaluation de la qualité écotoxicologique des sédiments par l’étude des communautés benthiques. Sciences Eaux & Territoires 55, 1-9
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Lefrançois, E., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Blancher, P., Botreau, S., Chardon, C., Crepin, L., Cordier, T., Cordonier, A., Domaizon, I., Ferrari, B.J.D., Guéguen, J., Hustache, J.-C., Jacas, L., Jacquet, S., Lacroix, S., Mazenq, A.-L., Pawlowska, A., Perney, P., Pawlowski, J., Rimet, F., Rubin, J.-F., Trevisan, D., Vivien, R., Bouchez, A. (2018) Development and implementation of eco-genomic tools for aquatic ecosystem biomonitoring: the SYNAQUA French-Swiss program. Environmental Science and Pollution Research https://doi.org/10.1007/s11356-018-2172-2
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Vivien, R., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2018) Simultaneous preservation of the DNA quality, the community composition and the density of freshwater oligochaetes for the development of genetically based biological indices. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.6050
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Vivien, R., Holzmann, M., Werner, I., Pawlowski, J., Lafont, M. and Ferrari, B.J.D. (2017) Cytochrome c oxidase barcodes for aquatic oligochaete identification: development of a Swiss reference database. PeerJ, DOI 10.7717/peerj.4122
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Vivien, R., Ferrari, B.J.D., Pawlowski, J. (2016) DNA barcoding of formalin‑fixed aquatic oligochaetes for biomonitoring. BMC Res Notes 9:342 DOI 10.1186/s13104-016-2140-1
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Vivien, R., Lejzerowicz, F., Pawlowski, J. (2016) Next-Generation Sequencing of Aquatic Oligochaetes: Comparison of Experimental Communities. PLoS ONE 11(2): e0148644
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Vivien, R., Lafont, M. (2015) Note faunistique sur les oligochètes aquatiques de la région genevoise et de Suisse. Revue suisse de Zoologie, 122:207-212
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Aktuelle News

29. November 2016

Oligochaeten zeigen Sedimentqualität an

Wasserlebende Oligochaeten eignen sich gut für die Bewertung der biologischen Sedimentqualität, aber Schwierigkeiten bei der Artbestimmung hemmen ihre Routinenutzung als Indikatororganismen. Eine Artbestimmung mit Hilfe von genetischen Barcodes könnte dies ändern und die Anwendung der Methode fördern.

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